iTRAQ同位素标记相对定量和绝对定量分析
iTRAQ 采用液质联用的方法高通量地检测多组别间的蛋白质表达差异。蛋白质酶切成多肽后，用iTRAQ同位素试剂标记多肽N末端或赖氨酸侧链基团。标记后的多肽经过液相色谱分离，进行一级和二级质谱分析，在
SILAC蛋白组定量分析
iTRAQ/TMT蛋白组定量分析 SILAC蛋白组定量分析 Label Free非标定量分析 半定量分析（spectral count） 鸟枪法蛋白全谱分析 2D蛋白胶点鉴定 单一蛋白高覆盖度分析
染色质免疫共沉淀测序（ChIP seq）
ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。
蛋白样本制备、免疫组化、双向电泳、蓝色温和胶电泳系统分离蛋白质复合体、图像分析、胶内酶切、蛋白质鉴定、数据库查询与结果分析、免疫印迹及磷酸化蛋白质检测
北京蛋白质组研究中心功能蛋白质组研究技术平台可承接单项的蛋白质组学技术服务, 同时平台也开展规模化、高通量的蛋白质组学委托科研服务。
SILAC定量蛋白质组
2002年，丹麦Mann实验室的OngSE等对AACT技术作了进一步改进，建立了SILAC技术并首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。